将南京质子源建成用于探索重大科学前沿问题、材料和物质演化的实验应用与成果转化公共服务平台、最终成为国际著名国家实验室。其主体为一台最高输出能量1000MeV的强流质子超导加速器与质子束流线、36个多功能用户实验终端、1个高能实验站和基础建设等。建成后,将为用户提供能量从3.5MeV到1000MeV,流强从9.4 pA 到26 mA的质子束。