南京质子源1000MeV超导直线加速器建设包括：1台离子源、1台常温射频四极加速器（RFQ）、1台漂移管直线加速器（DTL）、4个辐轴腔超导舱（Spoke）、10个低β（0.42）椭球超导舱，11个中β（0.61）椭球超导舱、12个中β（0.81）椭球超导舱、145套射频功率源和控制系统、1套2K 2.0kW低温系统、85套束流诊断系统、109套磁铁系统、7套超导劈束系统，以及相关电源、真空、安全控制系统。根据国内有关单位建造以及前期运行美国SNS和韩国KOMAC的经验，利用掌握的先进的超导质子直线加速器技术，将低能加速段（RFQ+DTL+SPOKE加速器）频率选择为403MHz，椭球腔超导加速器频率选择为806MHz。由于国内在此频率段的技术很成熟，可以保证项目顺利进行。

南京质子源束线建设：质子束由离子源产生，经过初级调制，注入射频四极加速器被加速到3.5MeV，然后由Crab腔引出部分束流，用于实验；再由漂移管直线加速器加速到20MeV，部分束流引出；之后经过强流质子SPOKE腔超导加速器加速到100MeV，经椭球腔低β强流质子超导加速器加速到186MeV，经中β强流质子超导加速器加速到390MeV，最后经高β强流质子超导加速器加速到1000MeV。在3.5MeV、20MeV、100MeV、260MeV、400MeV、600MeV和1000MeV处，将部分束流引出。根据用户需要，对次级束流线束流再次加速或减速、劈束，得到用户需要的能量和流强后输送给终端实验用户。终端采用KOMAC方案。质子束线部分一般由导航磁铁（二极铁）、聚焦磁铁（四极铁）、能散矫正磁铁（六极铁）、减速结构和Kicker腔组成。对于技术开发和学科建设平台终端，采用KOMAC的终端方式，在每组实验群端，建设一个中子发生器实验端。