南京质子源1000MeV超导直线加速器建设包括：1台离子源、1台常温射频四极加速器（RFQ）、1台漂移管直线加速器（DTL）、4个辐轴腔超导舱（Spoke）、10个低β（0.42）椭球超导舱，11个中β（0.61）椭球超导舱、12个中β（0.81）椭球超导舱、145套射频功率源和控制系统、1套2K 2.0kW低温系统、85套束流诊断系统、109套磁铁系统、7套超导劈束系统，以及相关电源、真空、安全控制系统。根据国内有关单位建造以及前期运行美国SNS和韩国KOMAC的经验，利用掌握的先进的超导质子直线加速器技术，将低能加速段（RFQ+DTL+SPOKE加速器）频率选择为403MHz，椭球腔超导加速器频率选择为806MHz。由于国内在此频率段的技术很成熟，可以保证项目顺利进行。

南京质子源的超导质子直线加速器整体技术为国际领先，建设具有很大的挑战性。目前，26mA超导质子直线加速器的国际最高占空比为6%，而南京质子源的占空比是20%，该参数是国际最高水平的3倍，难度很大。从SNS、KOMAC以及中国的ADS项目数据看，离子源应该能够满足要求。KOMAC已经成功试验过20mA，占空比为20%的RFQ和20   MeV的DTL，因此常温加速段在技术上没有难点。目前运行的SNS超导质子直线加速器流强为26mA、占空比为6%。根据相关人员研制和运行SNS超导加速器的经验，以及束流动力学分析，对于403MHz的Spoke腔超导加速器和806MHz的椭球腔超导加速器，占空比20%的超导质子加速器应该可以实现，但需要进一步的突破。